1985年秋
，朱兆祥出任宁波大学首任校长。他怀着“老骥伏枥，壮心不已 ”的精神领导筹建这所由香港环球航运集团主席包玉刚爵士捐款兴建的宁波第一所综合大学 。经过不到一年的艰苦筹建 ，宁波大学以一所包含文 、理、工
、商、法多学科的新型综合大学的面貌正式开学
。宁波几辈人盼望建立一所大学的愿望终于实现了。在宁波大学办学中，朱兆祥努力进行教育改革 。学校只设学系而不分专业
，放宽各系的培养面，倡导发扬浙东学派“实事求是 ，经世致用”的传统
，旨在培养既有宽厚的学科基础知识，又有开拓创新能力的优秀人才和社会中坚 ，为中国的改革开放和社会主义现代化建设服务
。这些改革凝聚着朱兆祥的教育思想和多年的心血。

1988年秋
，学校初具规模，66000平方米校舍竣工 ，为8个学系聘集了宁波历史上从未有过的教授队伍并全面招生
，教学和科研活动正常展开，至此 ，他力请辞去校长职务
，回到北京中国科学院力学研究所任研究员，潜心结构动态屈曲和高分子材料力学性能的研究工作 。

朱兆祥历任中国力学学会第一 、第二
、第三、第四届理事或常务理事 ，爆炸力学专业委员会副主任，理性力学和力学中数学方法专业